Da Jens Urup som 29 årig blev medarbejder ved genskabelsen af Sonnes frise på Thorvaldsens Museum, blev retningen for hans livsværk udstukket. Arbejdet med freskerne varede 10 år og sporede ham ind på de freskodekorationer og kirkeudsmykninger, som han er blevet mest kendt for.
Jens Urup blev uddannet på Kunstakademiet i København (1943 – 1948), som maler under professor Kræsten Iversen, på freskoskolen under professor Elof Risebye og som grafiker under professor Holger J. Jensen.
Jens Urup debuterede på Kunstnernes Efterårsudstilling i 1945 og har en meget lang udstillingsvirksomhed bag sig. I Danmark, udover KE, har han udstillet på Charlottenborgs Forårs- og Efterårsudstillinger i perioden mellem 1945 og 1986 og mange steder i provinsen. Lokalt udstillede han i 1990 på Gl. Holtegaard (retrospektiv) i 1995 på Birkerød Rådhus og igen i en gruppeudstilling på Gl. Holtegaard i 1997.
Hans værker har desuden været vist ved utallige udstillinger i Norden, i Stockholm, Göteborg, Helsinki og flere gange i Island. Herudover har han udstillet i New York, og med vandreudstillinger i USA. Han har rejst meget i Norden, men også i USA og Mexico, i Japan og Kina og i Grækenland, Ægypten og Indien.
Fra som ung maler, at være inspireret af Joachim Skovgaard og især Niels Larsen Stevns stramme linjer og lidt tunge farver, ses der i hans senere arbejder et farvevalg, præget af vidunderlige, klare røde, blå og gule toner, hvad enten der er tale om oliemaleri eller glasudsmykninger.
Jens Urup er repræsenteret med arbejder i Museet – Esbjerg Kunstpavillion, i Kunstmuseet Reykjavik, Ny Carlsbergfondet, Statens Kunstfond, ministerier, Københavns kommune. Hans udsmykninger i kirker i Danmark er utallige, Lydum kirke, Lindevangskirken, Store Kapel, Vestre Kirkegård, Treenighedskirken i Esbjerg er bare få eksempler, der er mange, mange andre. I Virum Kirke har han udført både døbefont, gobelin og glasmosaikker. Lokalt har han til Vedbæk Kirke lavet et bronzekrucifiks.
Jens Urup har siddet i bestyrelser og censurkommiteer for Charlottenborgs Forårs- og Efterårsudstillinger, for BKF (Billedkunstnernes Forbund), i biennalekommiteen og Kunstnersamfundets jury.